A Strike Witches története egy olyan alternatív világban játszódik, ahol kereszteződnek a második világháborús évek a modern sci-fi világával. Tehát 1939-ben járunk, amikor is egy Neuroi-nak nevezett idegen faj jelenik meg a bolygónkon és kezdi el hatalmába keríteni a Földet. A még érintetlen területek közzé tartozik Britannia, ahol a történet is játszódik. A kor harci eszközei nem bizonyultak sikeresnek a faj kiirtására, ezért egy tudós feltalálta a Striker Unit nevet viselő repülő csizmát. Ezeket a harci eszközöket csak egy bizonyos képességgel rendelkező fiatal lányok tudnak irányítani, akiknek állati fülük és farkuk nő, ha varázserejüket használják. Valahogy így kerül az eme ritka képességgel rendelkező Miyafuji Yoshika az 501-es Repülő Harci Különítmény eddig már 10 tagból álló csapatába. Yoshika számára a beilleszkedés nem lesz teljesen problémamentes még valami közös élményei nem adódnak a lányokkal, akikről részenként tudhatunk meg többet.

Az biztos, hogy sokan közülük igen perverzek és szeretik a melleket. Sok vicces jelenetben lehet részünk, ha éppen nem az idegenek elleni bevetéseken izgulunk. A Neuroi-k elpusztítása nem egyszerű, mivel gyenge pontjuk csak egy apró piros kristály, aminek szétlövésével üvegszerűen törnek millió darabokra. Ez a mag sokszor olyan ravasz helyekre is elbújik, mint a lányok alsóneműje. Van erről egy mókás rész, amikor egy ilyen piros maggal rendelkező kis bogár végigjárja a lányokat, még rá nem jönnek a Neuroi gyenge pontjára. Végül pedig fény derül az idegen faj titkára és talán végleges kiirtásuk módszerére. Aki szeretne egy jót kalandozni a bolondos lányokkal és üvegszerű idegen űrhajókkal, azt várja a Strike Witches. Az animének nem csak második évada, de movie verziója és alternatív sorozatai is jelentek már meg.